1994年，學(xué)校確定“立足行業(yè)，面向社會”的辦學(xué)定位和“對內(nèi)求實(shí)，對外搞活”的工作思路，堅(jiān)持從嚴(yán)治校，狠抓教學(xué)、科研、師資隊(duì)伍、學(xué)科、實(shí)驗(yàn)室和基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)，學(xué)校的辦學(xué)水平、辦學(xué)條件和綜合實(shí)力穩(wěn)步提高。在名譽(yù)院長孫越崎和杰出校友吳京的大力倡導(dǎo)推動下，經(jīng)學(xué)校呈報煤炭工業(yè)部同意，國家教委于1995年4月批準(zhǔn)恢復(fù)焦作工學(xué)院校名，標(biāo)志學(xué)校由行業(yè)工科院校向通用工科院校的實(shí)質(zhì)性轉(zhuǎn)變。1995年，痕跡古生物、瓦斯地質(zhì)兩個學(xué)科建成河南省重點(diǎn)學(xué)科；1996年，煤田地質(zhì)與勘探學(xué)科建成煤炭部重點(diǎn)學(xué)科；1997年，煤田、油氣地質(zhì)與勘探，安全技術(shù)及工程，采礦工程三個學(xué)科建成河南省重點(diǎn)學(xué)科。1996年，在煤炭部組織的全國煤炭院校高等數(shù)學(xué)、大學(xué)物理、理論力學(xué)3門基礎(chǔ)課突擊抽查考試中，學(xué)校在13所本科院校中名列第二，受到煤炭部表揚(yáng)；大學(xué)英語四級考試通過率連年高于全國非重點(diǎn)院校平均通過率近20個百分點(diǎn)；體育達(dá)標(biāo)率連續(xù)十余年被評為河南省先進(jìn)單位，1996年獲得全國高校先進(jìn)單位稱號，反映出學(xué)校辦學(xué)水平和人才培養(yǎng)質(zhì)量在不斷提高。
　　科學(xué)研究面向煤炭工業(yè)和區(qū)域經(jīng)濟(jì)建設(shè)主戰(zhàn)場，科研項(xiàng)目級別逐年提升，項(xiàng)目數(shù)、經(jīng)費(fèi)數(shù)和獲獎率每年以20%以上的速度遞增。
　　1998年，國務(wù)院決定將學(xué)校劃歸河南省管理，實(shí)行“中央與地方共建，以地方管理為主”的管理體制。
　　學(xué)校黨委緊緊抓住這一歷史機(jī)遇，果斷決策，提出以學(xué)科建設(shè)為龍頭，建設(shè)既服務(wù)于煤炭行業(yè)，又服務(wù)于地方經(jīng)濟(jì)發(fā)展的工科院校，進(jìn)而向多科性大學(xué)邁進(jìn)的奮斗目標(biāo)。學(xué)校在繼續(xù)加強(qiáng)傳統(tǒng)優(yōu)勢學(xué)科和專業(yè)建設(shè)、保持特色和優(yōu)勢的同時，積極開拓新的學(xué)科和專業(yè)領(lǐng)域，努力擴(kuò)大服務(wù)面向，進(jìn)一步增強(qiáng)服務(wù)煤炭行業(yè)與地方經(jīng)濟(jì)社會發(fā)展的能力，為新世紀(jì)向更高目標(biāo)奮進(jìn)奠定了扎實(shí)的基礎(chǔ)。朱建安等承擔(dān)的《EBJ-160重型懸臂式掘進(jìn)機(jī)的研制》成果分別獲1998年煤炭部科技進(jìn)步一等獎、1999年國家科技進(jìn)步二等獎。1999年，學(xué)?？蒲薪?jīng)費(fèi)首次突破1000萬元。鄒友峰主持的《條帶開采的三維層狀介質(zhì)理論及其應(yīng)用研究》成果獲河南省科技進(jìn)步一等獎。
　　進(jìn)入21世紀(jì)，高等教育事業(yè)面臨新的重要戰(zhàn)略機(jī)遇期。學(xué)校敏銳抓住高等教育大發(fā)展的重要機(jī)遇，解放思想，開拓進(jìn)取，各項(xiàng)事業(yè)實(shí)現(xiàn)跨越式發(fā)展。
　　2000年，學(xué)校黨委審時度勢，果斷作出征地建設(shè)新校區(qū)的重大決策。8月，完成一期征地1079畝，12月，一期工程開工建設(shè)，次年9月3600余名新生順利入住，成為河南高校第一個投入使用的新校區(qū)。之后，完成二期征地1878畝，學(xué)校主體搬遷至新校區(qū)。新校區(qū)建設(shè)的順利推進(jìn)，為學(xué)校各項(xiàng)事業(yè)發(fā)展提供了廣闊空間。同年，采礦工程、礦產(chǎn)普查與勘探、控制理論與控制工程、安全技術(shù)及工程四個學(xué)科建成河南省重點(diǎn)學(xué)科，安全技術(shù)及工程學(xué)科被批準(zhǔn)為河南省一類重點(diǎn)學(xué)科。
　　2001年，學(xué)校抓住河南省建立高等學(xué)校特聘教授崗位制度的機(jī)遇，率先引進(jìn)全省第一位特聘教授、教育部長江學(xué)者；之后，中國工程院院士張鐵崗、傅恒志、陳清如、中國科學(xué)院院士郭柏靈先后加盟學(xué)校，受聘擔(dān)任教授，中國工程院院士王家耀、劉先林、周豐峻、趙振業(yè)，俄羅斯自然科學(xué)院外籍院士牛濟(jì)泰，美國工程科學(xué)院院士彭賜燈相繼受聘擔(dān)任兼職教授。一大批高層次、高水平人才的引進(jìn)，為學(xué)校的發(fā)展注入了生機(jī)與活力。
　　2002年，河南省政府批準(zhǔn)學(xué)校舉辦萬方科技學(xué)院，成為全省第一所按新機(jī)制和新模式舉辦的本科層次的獨(dú)立學(xué)院，并于當(dāng)年首招學(xué)生423人。同年底，首屆采礦科學(xué)與安全技術(shù)國際學(xué)術(shù)會議成功召開，來自國內(nèi)外的150多名院士、專家、學(xué)者參加會議，標(biāo)志學(xué)校的科研和學(xué)術(shù)水平取得新的進(jìn)步。同年，彭立世承擔(dān)的《礦井瓦斯災(zāi)害綜合治理示范工程配套技術(shù)的研究》成果獲國家科技進(jìn)步二等獎。