正當(dāng)山東農(nóng)學(xué)院各項事業(yè)蓬勃發(fā)展的時候，1957年夏天，一場全國規(guī)模的“反右”運(yùn)動，如暴風(fēng)驟雨般猛烈地開展起來。運(yùn)動中，師生平時向組織所提的諸如食堂伙食不好之類的意見，也被當(dāng)作右派言論。在整個“反右”運(yùn)動中，全院共有25名教職員、43名學(xué)生被劃為右派，傷害了一大批知識分子，影響了教學(xué)科研的開展，嚴(yán)重挫傷了人們的工作積極性。
　　運(yùn)動的高潮一浪高過一浪，“反右”運(yùn)動尚未平息，1958年又掀起了人民公社化和工農(nóng)業(yè)生產(chǎn)大躍進(jìn)的高潮。3月18日，山東農(nóng)學(xué)院根據(jù)省委指示進(jìn)行了動員，開始停課搞大躍進(jìn)。在咄咄逼人的形勢下，人們受鼓動通宵達(dá)旦地寫大字報、表決心，大搞“科研”，大煉鋼鐵。農(nóng)學(xué)院是學(xué)習(xí)農(nóng)學(xué)的地方，對“人有多大膽，地有多大產(chǎn)”的口號，對畝產(chǎn)萬斤糧的“放衛(wèi)星”感到迷惑不解，左右為難。華山書記好心地對下放農(nóng)村的師生悄悄地說，到農(nóng)村后要虛心向農(nóng)民、向?qū)嵺`學(xué)習(xí)，多干少說。因為怕被別人說思想不解放右傾保守，有的人也只好昧著科學(xué)的良心瞎說。動員大會僅3天后，學(xué)院就報出包括母雞一天能產(chǎn)4個蛋在內(nèi)的866個“科研”項目。運(yùn)動過后，校園里一座座煉鐵爐高矗，煉成的一塊塊鐵渣遍地橫陳，一片狼藉。
　　到了這年的8月，省委決定：“山東農(nóng)學(xué)院遷往泰安，師生到農(nóng)業(yè)社半農(nóng)半讀，立即行動，越快越好?！碑?dāng)時全院有學(xué)生1500多人，教職工 300多人，還有幾百名家屬老幼，而要去的泰安只有泰安黨校和農(nóng)校騰出的不足兩萬平方米的校舍，近三千人的學(xué)校不要說上課、生活，就是硬塞也塞不進(jìn)去。面對這樣的現(xiàn)實，有的人卻說現(xiàn)在全國都在搞大躍進(jìn)，我們搬家也要搞大躍進(jìn)，爭取用3天時間搬完。老成持重的華山書記曾向省里建議等泰安擴(kuò)建部分校舍后再搬遷，聽了這些人不切實際的發(fā)言，氣惱地說：“只要散不了攤子，搬就搬吧。”因為這樣一句實事求是而又帶些不滿情緒的話，1959年他被定為犯有嚴(yán)重右傾錯誤，降職到肥城縣委任副書記。
　　10月份，學(xué)院匆匆搬來泰安，騰出的校舍讓給從青島搬到濟(jì)南的山東大學(xué)。自1950年山東農(nóng)學(xué)院由桑園遷來洪家樓，歷時8年時間，這8年多的時間里，山東農(nóng)學(xué)院克服困難，苦心經(jīng)營，在這里先后建起了較高標(biāo)準(zhǔn)的教學(xué)樓、教工宿舍和學(xué)生公寓，這些建筑有的至今仍為山東大學(xué)正常使用。
　　遷來泰安后，校區(qū)內(nèi)只有幾十排平房，幾眼土井，三千多人學(xué)習(xí)、生活實在難以解決。1400多名師生只好下放到農(nóng)村實行半農(nóng)半讀，而搬遷來的大批圖書、儀器、設(shè)備只好堆放在臨時搭建的大蓆棚內(nèi)，任憑風(fēng)吹雨淋，造成大量物品的慘重?fù)p失。
　　更大的災(zāi)難還在后面。1966年夏，“文化大革命”以排山倒海般的氣勢，迅猛掃遍全國。6月13日，山東農(nóng)學(xué)院學(xué)生國恕連張貼出 “院黨委的同志可信任嗎”的大字報，揭開了山東農(nóng)學(xué)院造反奪權(quán)的序幕，學(xué)校黨組織陷于癱瘓，所有的黨員領(lǐng)導(dǎo)干部都被打成走資派，群眾組織的代表開始行使行政權(quán)力。隨之，武斗不斷升級，學(xué)院的形勢一發(fā)而不可收。
　　就是在這種嚴(yán)酷的政治形勢下，許多老專家老教授白天挨批斗，晚上躲在家里鉆研業(yè)務(wù)。他們熱愛自己的專業(yè)，忘不了自己的責(zé)任，不相信我們這個有著五千年燦爛文明的國家會與科學(xué)絕緣，歷盡磨難不改當(dāng)年科學(xué)報國的初衷。1971年，正是文化大革命進(jìn)行得如火如荼的時候，余松烈教授來到滕縣龍陽公社沙土村，在這里，他一住就是4年。在這4年里，他為滕縣舉辦了三期小麥培訓(xùn)班，培養(yǎng)了150多名學(xué)員。他還結(jié)合生產(chǎn)實際搞科研，進(jìn)行小麥精播實驗，經(jīng)過幾年的不懈努力，使這項技術(shù)比傳統(tǒng)的栽培技術(shù)每畝節(jié)省十多斤種子，增產(chǎn)10%以上。這一成果，在1978年獲全國科學(xué)大會獎。包文翊教授在簡陋的溫室里進(jìn)行小麥品種培育，一連幾個春節(jié)都是在溫室里度過的。為了縮短育種時間，他每年都要乘坐40多個小時的火車，到青海進(jìn)行加代育種，有時沒有座位，一路上站十幾個小時也是常有的事，這對一個年近60歲的人來說，該是多么的不容易，可他從不畏難怕苦，曾數(shù)十次往返于泰安青海之間。據(jù)不完全統(tǒng)計，“文革”中全院取得的科技成果經(jīng) “文革”后評審，獲獎的有十幾項，其中包括2項全國科學(xué)大會獎，8項省科學(xué)大會獎?！昂蟮匕l(fā)春華，雪壓殘枝猶有桔”。這就是可欽可敬的中國知識分子，這就是老一代的山東農(nóng)大人。
　　“文革”中，山東農(nóng)學(xué)院曾經(jīng)停止招生達(dá)5年之久，直到1971年始有418名工農(nóng)兵學(xué)員入校。