當(dāng)歷史即將跨入新世紀(jì)門檻的時候，山東省政府于1999年7月下發(fā)了 《關(guān)于將山東農(nóng)業(yè)大學(xué)等三校合并組建新的山東農(nóng)業(yè)大學(xué)的通知》，決定將山東農(nóng)業(yè)大學(xué)、山東水利?？茖W(xué)校、山東省林業(yè)學(xué)校合并，組建新的山東農(nóng)業(yè)大學(xué)。
　　合校前，山東農(nóng)業(yè)大學(xué)有教職工1619人，在校生5662人，設(shè)有經(jīng)貿(mào)、林學(xué)、動科等6個學(xué)院和農(nóng)學(xué)、植保等4個系及社科、基礎(chǔ)等4個教學(xué)部；山東水利?？茖W(xué)校有教職工423人，在校生2492人，設(shè)有農(nóng)田水利、水利工程、水資源等3個系、2個教學(xué)部和15個專業(yè)，是教育部確定的30所全國示范性高等工程專科重點建設(shè)學(xué)校之一；山東省林業(yè)學(xué)校有教職工341人，在校生1757人，設(shè)有林業(yè)、森林保護(hù)、經(jīng)濟(jì)林等11個專業(yè)，其中，林業(yè)、森林保護(hù)為國家重點專業(yè)。在長期的相鄰辦學(xué)過程中，山東農(nóng)業(yè)大學(xué)作為山東省一所辦學(xué)實力雄厚的大學(xué)，在學(xué)科建設(shè)等方面曾給予水專、林校大力支持和幫助，而且1958年三校曾經(jīng)有過一段短暫合并的歷史，41年后三校再次走到了一起，實現(xiàn)了優(yōu)勢互補，為合校后的山東農(nóng)業(yè)大學(xué)實現(xiàn)創(chuàng)建高水平大學(xué)的目標(biāo)提供了有利的條件。
　　三校合并后，學(xué)校抓住機遇，擴大辦學(xué)規(guī)模，調(diào)整學(xué)科結(jié)構(gòu)，推進(jìn)教學(xué)內(nèi)容和課程體系改革。為迎接教育部本科教學(xué)工作水平評估，在突出抓好本科教學(xué)的基礎(chǔ)上，學(xué)校進(jìn)一步調(diào)整和優(yōu)化專業(yè)結(jié)構(gòu)，突出辦學(xué)特色，建立競爭激勵機制，加強教學(xué)管理、課程建設(shè)和實驗室建設(shè)，全面提高教學(xué)質(zhì)量。2004年11月，學(xué)校以優(yōu)秀成績通過教育部本科教學(xué)水平評估。
　　為適應(yīng)辦學(xué)規(guī)模不斷擴大的需要，學(xué)校在教學(xué)基地周邊新征土地1114畝，加上教學(xué)基地原有土地915畝，于2002年6月開工興建新校區(qū)。僅用14個月的時間，于2003年8月底完成10多萬平方米的施工任務(wù)，建成了一座高標(biāo)準(zhǔn)的現(xiàn)代化、數(shù)字化、園林化新校區(qū)。
　　這個時期，學(xué)校還在人事分配制度改革、干部管理體制改革、校院兩級管理體制改革等方面進(jìn)行了有益的嘗試和探索，為學(xué)校的健康快速發(fā)展提供了制度上的保障。
　　2006年8月，山東農(nóng)業(yè)大學(xué)迎來了百年大慶，教育部、農(nóng)業(yè)部、山東省委省政府發(fā)來賀信；百名院士為校慶題詞；泰安市委市政府發(fā)來賀信并贈送銅鼎一尊；包括杰出校友李振聲院士在內(nèi)的萬余名校友代表回到母校。校慶期間，學(xué)校舉辦了“百名教授建設(shè)新農(nóng)村齊魯科技行”、“師生文化藝術(shù)節(jié)”、“中外大學(xué)校長論壇”、編寫出版百年校史、拍攝百年校慶電視專題片等多項活動，總結(jié)百年辦學(xué)經(jīng)驗，宣傳學(xué)校辦學(xué)業(yè)績，提高了學(xué)校的社會知名度，把山東農(nóng)業(yè)大學(xué)這所有著深厚文化積淀、優(yōu)良文化傳統(tǒng)的百年老校，推向快速、可持續(xù)健康發(fā)展的快車道。