2003年，學(xué)校第二次黨代會明確提出“建設(shè)在國內(nèi)外有一定影響的高水平教學(xué)研究型大學(xué)”的奮斗目標(biāo)，學(xué)校開始步入建設(shè)高水平教學(xué)研究型大學(xué)的歷史征程。按照“強(qiáng)化優(yōu)勢特色學(xué)科，支持傳統(tǒng)骨干學(xué)科，培育新興交叉學(xué)科”的總體思路和“突出重點(diǎn)、分步建設(shè)”的方針，不斷優(yōu)化學(xué)科結(jié)構(gòu)，加快學(xué)科融合與發(fā)展，形成以基礎(chǔ)學(xué)科為依托、優(yōu)勢學(xué)科為重點(diǎn)、新興學(xué)科為增長點(diǎn)的多學(xué)科協(xié)調(diào)發(fā)展的學(xué)科布局。9月，學(xué)校獲得博士學(xué)位授予權(quán)和安全技術(shù)及工程、采礦工程2個博士點(diǎn)，成為全省第四所具有博士學(xué)位授予權(quán)的普通高校，實(shí)現(xiàn)了辦學(xué)層次的重大突破。同年，學(xué)校被國家安全生產(chǎn)監(jiān)督管理總局授予國家一級安全生產(chǎn)培訓(xùn)機(jī)構(gòu)資質(zhì)，安全技術(shù)及工程省級重點(diǎn)學(xué)科開放實(shí)驗(yàn)室獲準(zhǔn)建設(shè)，張英才主持的《大型工業(yè)建筑物拆除爆破技術(shù)》成果獲河南省科技進(jìn)步一等獎。
　　2004年，教育部批準(zhǔn)學(xué)校更名為河南理工大學(xué)，揭開學(xué)校發(fā)展新的紀(jì)元。同年，中共河南省委、省人民政府將學(xué)校列為河南省重點(diǎn)支持建設(shè)的骨干高校，學(xué)校作為河南省第一所接受教育部本科教學(xué)工作水平評估的高校并獲得優(yōu)秀評價，標(biāo)志學(xué)校的辦學(xué)水平和人才培養(yǎng)質(zhì)量邁上新的臺階。同年，大地測量學(xué)與測量工程、工程力學(xué)、機(jī)械制造及其自動化三個學(xué)科建成河南省重點(diǎn)學(xué)科。
　　2005年，學(xué)校召開發(fā)展戰(zhàn)略研討會，形成“堅持科學(xué)發(fā)展觀，全面提升內(nèi)涵，加快學(xué)校發(fā)展”的戰(zhàn)略思想。之后，扎實(shí)推進(jìn)學(xué)校內(nèi)部管理體制、運(yùn)行機(jī)制和政策制度體系建設(shè)，構(gòu)建起新的大學(xué)構(gòu)架和校、院（系）兩級管理體制，實(shí)現(xiàn)管理重心下移、院（系）權(quán)責(zé)統(tǒng)一；建立和完善年度目標(biāo)考核體系、本科教學(xué)體系、科技工作體系、研究生教育體系、學(xué)生工作體系和人事分配制度體系，辦學(xué)活力得到進(jìn)一步激發(fā)。11月，學(xué)?？萍即髸鞔_提出“強(qiáng)化本科教學(xué)中心地位、堅定不移地向科研與教學(xué)并重轉(zhuǎn)移”的辦學(xué)指導(dǎo)思想，科研工作的地位得到進(jìn)一步加強(qiáng)。同年，煤礦瓦斯與火災(zāi)防治河南省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室獲準(zhǔn)建設(shè)。趙波主持的《泥漿泵工程陶瓷缸套中試與產(chǎn)業(yè)化》成果獲河南省科技進(jìn)步一等獎。
　　2006年，學(xué)校煤礦災(zāi)害預(yù)防與搶險救災(zāi)工程研究中心成為河南高校獲建的第一個教育部工程研究中心，電工電子實(shí)驗(yàn)中心成為河南高校首批兩個國家級實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心之一，生物遺跡與成礦過程河南省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室獲準(zhǔn)建設(shè)，礦業(yè)工程一級學(xué)科獲得博士學(xué)位授予權(quán)、實(shí)現(xiàn)一級學(xué)科博士點(diǎn)零的突破。同年，學(xué)校科研經(jīng)費(fèi)總額突破億元大關(guān)，位居河南高校前列。劉明舉承擔(dān)的《煤礦沖擊礦壓電磁輻射監(jiān)測預(yù)警技術(shù)與裝備及其應(yīng)用》成果獲國家科技進(jìn)步二等獎。與此同時，學(xué)校黨的建設(shè)、思想政治工作和精神文明建設(shè)也取得豐碩成果，被中共河南省委授予“河南省思想政治工作先進(jìn)單位”稱號。
　　2007年，學(xué)校瓦斯預(yù)測與治理研究創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)入選并成為河南高校第一個教育部“長江學(xué)者和創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)發(fā)展計劃”創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)；煤田地質(zhì)與瓦斯地質(zhì)國家級教學(xué)團(tuán)隊(duì)獲準(zhǔn)立項(xiàng)建設(shè)，成為河南高校首個國家級教學(xué)團(tuán)隊(duì)。采礦工程、安全工程2個專業(yè)入選第一批國家級特色專業(yè)。《采煤概論》課程被評為國家精品課程。礦業(yè)工程、機(jī)械工程、地質(zhì)資源與地質(zhì)工程、電氣工程、測繪科學(xué)與技術(shù)、力學(xué)等6個學(xué)科獲得教授評審權(quán)。礦山空間信息技術(shù)國家測繪局重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、煤礦災(zāi)害防治省部共建教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、礦業(yè)工程一級學(xué)科博士后科研流動站、工程訓(xùn)練國家級實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心、控制工程河南省重點(diǎn)學(xué)科開放實(shí)驗(yàn)室先后獲準(zhǔn)建設(shè)。劉先林、鄒友峰主持的《近地超輕型小數(shù)碼航空攝影測量關(guān)鍵技術(shù)研究》和余明高承擔(dān)的《自然矸石山爆炸機(jī)理及治理綜合技術(shù)》成果獲河南省科技進(jìn)步一等獎。學(xué)校在河南省高校德育工作評估中獲優(yōu)秀評價，中共河南省委、省人民政府命名學(xué)校為河南省文明單位，王少安當(dāng)選為中國共產(chǎn)黨第十七全國代表大會代表，張子戌獲第三屆全國高等學(xué)校教學(xué)名師。