本報(bào)訊（通訊員王政 劉其梅）6月19日，國際著名期刊、華大基因大數(shù)據(jù)期刊GigaScience刊發(fā)了我校殷冬梅教授團(tuán)隊(duì)的文章 《高質(zhì)量花生四倍體野生種基因組組裝》（GenomeofanallotetraploidwildpeanutArachismonticola:adenovoassemble）。這是全球首次發(fā)布高質(zhì)量野生異源四倍體花生基因組。
　　作為豆科的重要分支之一，花生屬一共包括30個(gè)二倍體品種，一個(gè)異源四倍體野生花生(A.monticola)和栽培花生(A.hy鄄pogaea)(2n=4x=40)。作為栽培花生農(nóng)藝性狀改良的重要野生資源供體，野生四倍體花生的基因組一直是國內(nèi)外學(xué)者的研究熱點(diǎn)。成功破譯四倍體野生花生的基因組有助于科學(xué)家和育種專家對A.hypogaea起源及馴化過程的理解，對于加深花生屬和豆科作物進(jìn)化研究具有重要的科學(xué)價(jià)值，大大促進(jìn)了花生以及其他油料作物的功能基因組學(xué)和分子育種的發(fā)展。
　　殷冬梅教授團(tuán)隊(duì)與北京百邁客團(tuán)隊(duì)、中國科學(xué)院等多家單位聯(lián)合攻關(guān)，歷時(shí)五年，成功破譯復(fù)雜的異源四倍體野生花生基因組密碼，最終得到了染色體水平的高質(zhì)量野生花生參考基因組。研究過程中，該團(tuán)隊(duì)以野生四倍體花生A.monticola為研究材料，充分考慮野生花生中部分同源的異源四倍體基因組的復(fù)雜性，利用SMRT+Hi-C+IRYS+Illumina等多種測序平臺的優(yōu)勢，整合多種最先進(jìn)的基因組組裝技術(shù)，得到36XSMRTsubreads+76XHiCdata+210XBionanoIrysdata+50XIlluminareads的測序數(shù)據(jù)，獲得了參考基因組水平的高質(zhì)量組裝結(jié)果，組裝基因組大小為2.62Gb，為預(yù)計(jì)基因組大小的97%，contigsN50和 scaffoldsN50分別為 106.66Kb，124.92Mb，其中91.83%的序列都能被準(zhǔn)確地掛載到20條染色體上。
　　該研究在整合使用多種測序手段的基礎(chǔ)上，還開發(fā)了一套全新的denovo組裝策略，使得相較之前發(fā)表的基因組，contigsN50有了將近5倍的提升，并且包含了97%的野生花生的基因組序列。這表明，這種全新的組裝策略對于異源四倍體基因組的組裝是可行的，對于研究祖先二倍體花生與栽培四倍體花生的進(jìn)化、起源等起到了”橋梁”的作用。該項(xiàng)目得到國家基金委、河南省產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系、河南省科技廳等諸多項(xiàng)目的資助。
　　GigaScience由華大基因和生物醫(yī)學(xué)中心（BioMed Central）于2012年7月共同創(chuàng)辦。該期刊采用標(biāo)準(zhǔn)全文文獻(xiàn)、數(shù)據(jù)庫信息以及信息分析工具相結(jié)合的嶄新模式，為科研工作者提供免費(fèi)公開的有效數(shù)據(jù)以及生物學(xué)發(fā)現(xiàn)等資源。2016年6月14日，湯森路透社發(fā)布引證報(bào)告 （JournalCitationReports，簡稱JCR），華大基因大數(shù)據(jù)期刊GigaScience的SCI影響因子為7.463，在綜合性期刊類別 （SubjectCategoryofMulti鄄disciplinarySciences）中排名全球第六。