1938年，日寇轟炸西安，并有渡河進犯西安的動向。3月，學校再次由西安西遷甘肅天水。當時，隴海鐵路剛通至寶雞，公路運輸力量又極其薄弱，全校師生均自隴海鐵路虢鎮(zhèn)站起，長途跋涉，徒步經(jīng)鳳翔、汧陽、隴縣、固關(guān)，翻越關(guān)山，經(jīng)馬鹿鎮(zhèn)、清水抵達天水，全程500余里。在遷校過程中，全校師生“峽谷寒風，隴州暮雨；關(guān)山曉月，驛路晨霜；山泉冷飲，冰河盥漱；行歌道山，談笑峰巔”，終于化艱險為坦途，完成遷校任務。以天水南郊中山公園水月寺為臨時校舍，恢復上課。7月，在抗日戰(zhàn)爭一周年紀念大會上，師生們演出抗日救亡話劇，會場高懸“焦土抗戰(zhàn)，最后勝利屬于我；工程建設，當前責任不讓人”的楹聯(lián)，充分體現(xiàn)學校師生同仇敵愾、抗戰(zhàn)建國的豪邁氣概。當年暑假，學校采礦冶金系和土木工程系25名學生在天水畢業(yè)。
　　同年7月，國民政府教育部為集中師資和設備，鞏固和發(fā)展后方工程教育，決定將焦作工學院與當時的國立西北聯(lián)合大學工學院（由國立北洋工學院和北平大學工學院組成）、國立東北大學工學院合并改組，成立國立西北工學院。1938年11月，學校師生及眷屬146人在張清漣院長的率領(lǐng)下，運載約160噸圖書、資料及儀器設備，從甘肅天水乘汽車前往陜南城固古路壩復課。孫越崎后來回憶說：由于焦作工學院是完整西遷的，圖書和教學用具、實驗設備齊全，為成立西北工學院創(chuàng)造了條件。在那國難深重的艱苦年代，學校以海納百川的博大胸懷，傾其所有，以雄厚的師資、豐富的辦學經(jīng)驗和優(yōu)良的辦學傳統(tǒng)，全力支撐起西北惟一的高等工程學府，開啟我國西北高等工程教育的先河，成為抗日戰(zhàn)爭時期以至后來國家培養(yǎng)高等工程技術(shù)人才的重要基地，鞏固和發(fā)展了抗戰(zhàn)后方的高等教育。這一時期，原焦作工學院八個班的學生共97人，分別于1939年、1940年、1941年、1942年畢業(yè)于西北工學院，為抗戰(zhàn)后方新興的工礦、交通業(yè)輸送了一批高級專業(yè)人才，成為甘肅玉門油礦的開拓者和各大煤礦的中堅。
　　1945年，抗戰(zhàn)勝利后，學校校董和畢業(yè)同學立即成立復校委員會，于8月31日向國民政府教育部呈送焦作工學院復校報告，原院長張清漣和學校師生紛紛為復校積極奔走。1946年7月26日，經(jīng)國民政府教育部和河南省政府批準與撥款，私立焦作工學院在河南洛陽關(guān)林復校，張清漣復任院長，并分期收回合并于西北工學院的部分圖書、儀器。時設采礦工程學系、冶金工程學系、機械工程學系及先修班，當年招生137人。院長張清漣在復校紀念大會上動情地回顧學校所走過的艱辛道路，號召師生“提起精神，創(chuàng)造青出于藍的新牌子，建設新焦工”。復校后，教職工都懷著同舟共濟、努力進取的精神，學生更是心系報國強國志向，潛心學業(yè)，學校上下充滿活力。然而，國民黨反動派悍然發(fā)動反共反人民內(nèi)戰(zhàn)，并推行法西斯統(tǒng)治，學校師生無不為國家及學校的前途深感憂慮。1946年12月，全校師生積極響應北平學生發(fā)動的抗議美軍士兵強暴北大女生沈崇的“抗暴”運動，抗議美軍暴行。1947年，機械系合并于西北工學院，隨后學校遷至鄭州，租得河陽街災童教養(yǎng)院作為臨時校址。在辦學條件極端艱難的條件下，采礦、冶金兩系繼續(xù)招生，全校有3個班，學生近200人。
　　1948年，人民解放軍挺進中原。南京國民政府強令學校遷至江蘇蘇州，以平江路積谷倉為臨時校舍。到蘇州后，采礦、冶金兩系又招兩個班學生共140余人，另招預科生30余人。此時，學校三年三次遷址，經(jīng)費極度困難，學校師生高擎戰(zhàn)斗的旗幟，喊出了“要生存，要吃飯”的口號，100多名師生舉行反饑餓、反迫害示威，到蘇州縣政府要糧，并和武裝警察發(fā)生沖突。經(jīng)過不懈抗爭，終于打開蘇州糧倉，取得勝利。一批進步愛國學生先后沖破國民黨反動派的封鎖線，奔向解放區(qū)，參加了埋葬蔣家王朝的戰(zhàn)斗。1949年4月，人民解放軍百萬雄師橫渡長江一舉解放南京，宣告國民黨反動統(tǒng)治的覆滅。解放大軍的隆隆炮聲如同陣陣春雷，震撼著古城蘇州。為防止國民黨特務破壞學校，迫害進步學生，學校學生自治會自發(fā)組織開展護?；顒樱咏夥?。4月27日，蘇州解放。學校師生載歌載舞歡迎人民解放軍的到來。蘇州解放后，華東人民政府正式接收學校，并確定校名為國立焦作工學院。學校歷史從此翻開嶄新的一頁。