黃巢建立大齊政權后，對在京（長安）舊唐官員“三品以上停，四品以下還之”。后又下令，百官詣趙璋第投名銜者，復其官。并派出了大批使者到各地宣布赦書，敦促唐藩鎮(zhèn)投降。880年12月，離長安較近的“河陽節(jié)度使諸葛爽叛附于黃巢”（《新唐書·僖宗紀》)，其后，“天下藩鎮(zhèn)多受其偽命”（《舊唐書·王處存?zhèn)鳌?。
　　連年的戰(zhàn)爭，再加上起義軍進長安前唐軍及街痞流氓的燒殺搶掠，正值冬季的京城及周圍一片荒涼。黃巢進入長安，一方面派人西追唐僖宗，一方面準備登基，一方面還要加緊聯(lián)絡或打擊藩鎮(zhèn)勢力，幾十萬大軍需要大量的軍需和生活用品。這時，黃巢開始對歸降的藩鎮(zhèn)征討軍糧、士兵和物質。880年底，河中節(jié)度使王重榮以黃巢過度征發(fā)人力物力為借口，逼走節(jié)度使李都，公開背叛大齊，重新歸順唐朝廷。為平定這一叛亂，黃巢遣朱溫以舟師自同州，黃鄴自華州，率兵數(shù)萬，合攻河中。在這次戰(zhàn)役中，王重榮死守城池，朱、黃久攻不下。剛好此時大齊的吏部尚書兼水陸轉運使張全義押運四十多船糧食兵仗增援，停在風陵渡。王重榮令士兵偷偷出城，化裝成大齊軍模樣，直奔張全義大營，張全義以為是大齊軍到，沒加防范。他們殺死看守士兵，趁勢截獲糧食兵仗，黃巢軍大亂，自相殘殺，為王重榮所敗，損失糧仗四十余船。王重榮乘勝攻擊朱、黃部隊，朱溫、黃鄴無心戀戰(zhàn)，大敗。王重榮乘勝與義武軍節(jié)都使王處存結盟，引兵營于渭北。
　　看到擁唐倒大齊希望的僖宗立刻傳詔各道，要求出兵圍剿黃巢。假意投降大齊的鳳翔節(jié)都使鄭畋，秘密糾集逃散在關中的幾萬禁軍，聯(lián)絡臨近藩鎮(zhèn)，結成反攻聯(lián)盟。881年3月，大齊“遣千余人到鳳翔大索糧饈，于時烽候已嚴，偵邏殊密，云旗霜刃，森羅于百里之內，賊入界大驚，俱就擒戮”。接著，鄭畋以京西都統(tǒng)的名義發(fā)布討黃巢檄文，圍攻起義軍。鄭畋的反攻，立即激怒了黃巢，他派太尉兼中書令尚讓、京兆尹王璠、軍使林言統(tǒng)兵五萬進攻鳳翔，討伐鄭畋。鄭畋命行軍司馬唐弘夫利用地形伏兵龍尾陂，又令副都統(tǒng)程宗楚為先鋒，詐敗，引誘大齊軍入包圍圈，并親自領兵數(shù)千,多張旗幟，在草木叢生的陂上疏陣以待。鄭畋是文官出身，沒有作戰(zhàn)經(jīng)歷，尚讓等人非常輕視對手，特別是剛一交戰(zhàn)，程宗楚便落荒而逃。由是大齊軍更加輕敵，在地勢不熟的情況下，鼓行而進，行軍無編隊、沒陣型，結果中了埋伏，二萬多士兵傷亡，黃巢軍大敗。
　　二次戰(zhàn)役意外的失利，給剛剛建立起來的大齊政權帶來了極大的負面影響。
　　起義軍攻河中，損失糧仗；攻鳳翔，遭重創(chuàng)損失兩萬余人，使本來對黃巢軍“畏怯不敢出兵”的藩鎮(zhèn)，重新看到了打敗大齊軍隊，扼殺大齊政權，復辟舊王朝的可能。
　　黃巢在建立政權前夕，主要的對手是名將高駢。880年5月，黃巢用計在信州殺死唐驍將張璘。張璘之死和所率精銳部隊被消滅，對高駢是一個致命的打擊。從此，一貫主動出擊，積極鎮(zhèn)壓起義軍的高駢盡量避免與黃巢正面作戰(zhàn)，轉為采取保存實力的消極觀望態(tài)度。甚至“但命諸將嚴備，自保而已”。同時，高駢又向朝廷告急，夸大黃巢軍勢，黃巢自稱十五萬眾，而高駢則奏稱義軍有六十萬，并稱病“不復出戰(zhàn)”。9月，黃巢軍渡過淮河進攻泗州，唐副都統(tǒng)曹全晸以六千兵應戰(zhàn)，寡不收眾，等待援兵合力抗擊，高駢龜縮揚州不予救援，黃巢遂大敗曹全晸軍。從此，黃巢軍一路勢不可當，直逼京城。所到之處，官吏、地主紛紛潰逃。黃巢以率土大將軍的名義轉牒各鎮(zhèn)兵，“各宜守壘，勿犯吾鋒。吾將入東都，即至京邑，自欲問罪，無預眾人”。河南各藩鎮(zhèn)軍隊自相潰散，黃巢大軍成為舊唐勢力不可戰(zhàn)勝的力量。
　　大齊政權的建立，基本上宣示了唐王朝的滅亡。而河中之戰(zhàn)和龍尾陂之戰(zhàn)的失利，使各懷鬼胎的各藩鎮(zhèn)又重新拾起了信心，大齊軍隊并非不可戰(zhàn)勝。戰(zhàn)勝來犯的大齊軍隊，就有可能成為一方霸主。所以，就在881年4月1日，唐邠寧牙將朱玫殺死大齊邠寧節(jié)都使王玫，反戈大齊。中旬，忠武節(jié)都使周岌伙同監(jiān)軍楊復光殺死大齊使者，歸附舊唐。形成了兩川、興元軍屯渭北，邠寧、鳳翔軍屯興平，保大、定難軍屯渭橋的局面。受此影響，被唐驅逐的沙陀族李可用也應邀出兵逐鹿中原，而淮南節(jié)都使高駢則蠢蠢欲動，假意出兵勤王，使大齊政權重新又成為各藩鎮(zhèn)攻擊的對象。
　　河中之戰(zhàn)和龍尾陂之戰(zhàn)的失利，特別是龍尾陂之戰(zhàn)后，鄭畋利用勝利的聲威，傳檄天下藩鎮(zhèn)，號召他們出兵叛齊，使大齊政權征糧和軍需、生活物質更加困難。883年4月，起義軍被迫撤離長安。
　　河中、龍尾陂二次戰(zhàn)役的失利，各藩鎮(zhèn)打著勤王的旗號，乘機擴大地盤?！坝墒窍嗷ネ桃?，惟力是視，皆無所稟畏矣”。882年，浙東觀察使劉漢宏以勤王的名義攻擊杭州，大敗，由其引發(fā)了與董昌連年的地盤爭奪。隨后，錢謬擁兵稱王，滅劉漢宏、薛朗、董昌,占據(jù)吳越。唐僖宗逃到成都后，邛州阡能發(fā)動起義。一時蜀中“紛紛競起，州縣不能制”。所過之處，“攻陷城邑”，使流亡成都的小朝廷時時處于不安之中?？吹骄謩莸淖兓?，朱溫萌動了叛變，王重榮迅速崛起。藩鎮(zhèn)之間強者兼弱，大者并小，甚至在朱溫和李克用共同追擊黃巢時還發(fā)生了火并的事件，社會秩序一片混亂。
　　河中、龍尾陂二次戰(zhàn)役的失利，促使江南地主武裝蜂起。他們利用某一地區(qū)的軍事真空，乘機起兵，發(fā)展自己的勢力。“壽州屠者”王諸首先起兵，自稱將軍，先后占領了壽州和光州。與此同時，又有“貿賊”鐘季文攻占明州，“臨海賊”杜雄攻占臺州,“永嘉賊”朱褒攻占溫州，“遂昌賊”盧約攻占處州（麗水），柳超據(jù)常州，王傲據(jù)昆山，王騰據(jù)華亭，宋可復據(jù)無錫。而“關東方鎮(zhèn)牙將皆逐主帥，自號藩臣”（《舊唐書》），宋州朱瑄父子成為兗、鄆一帶割據(jù)者，劉隱做嶺南豪強，孟方立割據(jù)邢、洺，時溥占有徐州，都成為擁有軍隊的小王國。大唐和大齊都失去了對局勢的控制，藩鎮(zhèn)出兵剿殺大齊政權，也是為了擁有更多的地盤，而非為李氏王朝的復興。從此，天下大亂，群雄逐鹿，形成了新一輪的藩鎮(zhèn)兼并，大一統(tǒng)的唐王朝走向滅亡，五代十國在此基層上逐漸形成。